القصة يتوجه ستة أفراد نينجا من الشباب في مهمة للدفاع عن جزيرتهم ومسقط رأسهم التي تُدعى (نينجاجو)، وليلًا، هم محاربون موهوبون، يستخدمون مهاراتهم وأسطول شاحناتهم الهائل لمقاتلة الأشرار والوحوش، ونهارًا، هم مراهقون اعتياديون، يكافحون ضد عدوهم الأعظم: مدرستهم الثانوية.
