القصة تدور أحداث القصة في عام 2034، بعد عامين من أحداث Ghost in the Shell: S.A.C. الحفلة الثانية. تركت الرائد الآلي موتوكو كوساناجي قسم الأمن العام 9، وهي وحدة نخبة لمكافحة الإرهاب ومكافحة الجريمة متخصصة في الحرب السيبرانية، والتي توسعت إلى فريق من 20 عميلاً ميدانيًا مع توغوسا بصفته القائد الميداني.
